本发明涉及一种脱氮絮凝剂及其制备方法和应用。所述脱氮絮凝剂通过聚硅酸、聚合氯化铝和含有季铵基团的硅烷耦联剂(R)₃-N-C_n-Si-(R’)_a(OR”)_(3-a)Cl制备，其中，R、R’、R”分别为碳数为1-20的烷基，n＝1-10，a＝0-2，所述脱氮絮凝剂的总铝浓度为0.05-2mol/L，Si/Al摩尔比为2-5，季铵/铝摩尔比为0.1-1，碱化度(B值)为0～2.5，pH值为3.0～6.0。本发明采用所述絮凝剂处理含硝酸盐氮的水源水或污水，可以有效去除其中溶解性、常规方法难以去除的硝酸盐氮，大大降低硝酸盐氮去除成本、简化污水处理工艺。本发明对常规絮凝剂的功能进行了扩大，增加了常规絮凝剂所不具备的去除硝酸盐氮的效能。