本发明属于环境工程技术领域，具体涉及一种适用于湖泊治理的藻水分离装置和方法。本发明装置包括前处理和气浮处理两个分离单元；前处理单元包括前处理池、加药泵、搅拌器、刮渣机；气浮处理单元包括气浮池、溶气罐、空压机、加药泵、搅拌器和刮渣机。本发明采用二级处理步骤：通过前处理单元的前处理步骤，和通过气浮处理单元的气浮处理步骤。本发明引入前处理池，可减少气浮池的多级使用，降低运行费用，减少运行维护的工作量。本发明可为我国湖泊蓝藻治理提供技术支持，操作简便，应用前景大。