本发明提供了一种东方百合种球脱毒方法，具体通过以下步骤完成：A、外植体生长点的剥取，B、热处理脱毒，C、外植体清洗消毒，D、生长点采集诱导培养，E、脱毒培养，F、病毒检测。该发明克服了现有技术存在的不足，综合运用热处理脱毒、茎尖培养脱毒和愈伤组织脱毒的脱毒方法，解决了单独使用一种方法存在的不足，该方法能有效减少病毒交叉感染的机会，脱毒率高，成活率高，能有效缩短种球培养周期。