本发明属于有机废弃物厌氧发酵监测领域，特别涉及一种用于有机废弃物发酵过程监测的微生物燃料电池及方法。本发明微生物燃料电池为夹套式流通池结构，主要包括阳极室、阴极室及中间隔开的质子交换膜。本发明微生物燃料电池开始工作时，电极室内阴阳极石墨棒通过导线与外电路连接，并通过数据采集卡采集负载电阻两端的电压信号，最后由与采集卡相连的电子计算机进行数据的收集和处理。厌氧监测时阳极液为厌氧发酵系统外循环液。本发明所述MFC系统具有运行稳定，实时反馈，维护成本低，便携式流通池设计等特点，是一种高效的生物发酵监测设备与技术。本发明的MFC监测发酵过程中液相中间代谢产物，信号更及时有效，更能反映微生物发酵状态。