本发明公布了一种蛇足石杉无菌苗快速繁殖的方法，包括芽胞采集与处理、外植体表面消毒、内生菌杀灭培养与芽胞萌发、幼苗的继代与增殖、试管苗驯化等步骤。以蛇足石杉芽胞为外植体，经低温处理，芽胞的萌发率显著提高，达到98%；同时，该发明方法采取芽胞灭菌与萌发、幼苗增殖与生根同步化操作，大大缩短了产苗周期，降低了生产成本；所获芽胞污染率低、萌发率高、繁殖速度快，移栽存活率达96%以上，这对可持续性开发利用蛇足石杉野生资源、缓解石杉碱甲市场的供需矛盾及实现蛇足石杉的规模工厂化育苗，具有十分积极的意义。