本发明公开了一种压舱水处理系统，包括压水舱、第一泵和第二泵，还包括过滤压渣一体装置、石墨电极装置，所述压水舱连接所述第二泵，所述第二泵连接过滤压渣一体装置，所述过滤压渣一体装置连接石墨电极装置，所述石墨电极装置连接所述第一泵，所述第一泵连接压水舱。本发明的压舱水处理系统采用两级处理方法对海水进行处理，首先进入过滤压渣一体装置将大杂质过滤掉，再经过石墨电极装置将水流中的微小细菌杀灭，通过系统循环处理，杀菌效果更好，该系统结构简单稳定，石墨棒可长期使用、综合成本低。