本发明涉及一种水体净化防渗结构及方法，采用复合材料防渗的结构形式，并增加了磷细菌和硝化细菌，以促进水体中N、P元素的固定，减少水中的有机质的同时，还改善水体水质。同时，通过多层防渗材料的组合作用，在防渗的同时不阻碍气体交换，将土壤中的氧气释放到水体中，增加水体溶解氧含量，提高水体自净能力。本透气防渗结构充分利用各材料性能优势，中和弊端，降低了工程造价，提升了水体的生态效果。