本发明涉及一种分仓储存发酵式兽粪处理系统，包含有内设有若干分仓式贮粪发酵池、前后墙体上设有贮粪发酵池的进粪口和出粪口、侧旁设有送料平台和运料坡道的密封式兽粪仓库、与沼气池管道相连的污水汇流管道。由于将贮粪发酵池集中设置在密封式兽粪仓库内，确保兽粪在完全密封、与外界隔离的状态下、在额定期限内充分发酵，发酵过程中产生的污水汇流到沼气池加以利用，发酵后的兽粪成为肥效高的有机肥料。能有效扭转目前在兽粪处理方面所存在的对当地水土及周围居民的生存环境污染，且变废为宝、为养兽场创收。系统结构简单、设置成本和使用成本均低，能显著改善养兽场的落后管理状况和整体提高经济效益，是养兽场粪便管理设施的一大创新环保产品，具有很强的实用性。