一种采用微生物菌肥养殖大菱鲆的方法，包括以下步骤：（1）养殖环境，（2）受精卵的孵化，（3）苗种培育，（4）饲料制备，（5）投喂方法；并通过添加鱼类生产所需要的有机物、无机矿物质、微量元素、枯草芽孢杆菌、酵素菌、噬菌蛭弧菌和固体光合细菌，制备了大菱鲆养殖用微生物菌肥。通过添加本发明的复合微生物肥可以促进大菱鲆的快速生长，EPA含量增加，疾病减少，病死大菱鲆减少，同时还使水体中的有益微生物增加，最终的品质和质量都得到提高。