本发明公开了一株荚膜红细菌以及应用，本发明提供了荚膜红细菌BN-W-6，它的保藏编号为CGMCC？No.8311，属于光合细菌，经过扩大培养后加入能量源，使其发酵获得发酵产物，发酵产物中包含叶绿素a、类胡萝卜素、酮式-类胡萝卜素、氢化酶和接触酶等。该菌的发酵产物在池塘中，产生的生物酶类，可以使大型藻类逐渐分解，叶绿素a和类胡萝卜素等产物能够吸收大型藻类生长所必须的光照波段使大型藻类萎缩、聚团、直至死亡，并且大型藻类死亡后不影响底质，从而达到控制藻类泛滥生长且不影响海参正常生长的目的。本发明提供的荚膜红细菌发酵液可以抑制和去除大型藻类，从而提高养殖密度，改善了养殖环境，达到提高水生生物池塘养殖产量的目的。