本发明涉及一种灭活饮用水中细菌的方法，采用加压CO₂来灭活饮用水中的细菌，具体步骤包括：1)将0.1％的次氯酸钠溶液通入反应器中进行消毒，再用无菌蒸馏水多次反复清洗反应器；2)向反应器中通入CO₂，待反应器内残余空气排走后，由泵将含有细菌的饮用水打入反应器中；3)在设置的温度及CO₂压力条件下，连续的反应，灭活饮用水中的细菌。与现有技术相比，本发明利用加压CO₂溶解能力强，突然降压瞬时膨胀力大，溶于水中pH呈酸性等特性，破坏细菌的细胞结构，改变其生存条件，抑制其生长等，从而达到灭活饮用水中细菌的目的，且反应结束后，无消毒副产物产生，能很好的实现饮用水消毒安全的要求。