本发明提供了一种黑水虻的养殖系统和养殖方法。该养殖系统包括：用于将黑水虻预蛹孵化为黑水虻蛹的化蛹器，内部设置含水的化蛹介质；用于将黑水虻蛹饲养为黑水虻成虫的成虫养殖室。本发明的养殖系统对化蛹环境进行研究后利用含水的化蛹介质进行化蛹，使得化蛹时间由目前的至少7天缩短到2～3天，从而大大缩短了黑水虻的繁殖时间；同时实现了规模化的整齐化蛹及化蛹后对蛹的批量化收集。