本发明一种船用生活污水处理系统，包括依次连接的污水储存罐、粉碎泵、生化反应装置、电絮凝处理装置、膜组过滤器、残渣回流槽，以及焚烧炉和电催化消毒装置、电源控制装置；生化反应装置与电絮凝处理装置位于同一柜体内并连接；膜组过滤器与电催化消毒装置在同一罐体内上下连接设置，在罐体顶部设置有倾斜安装的过滤器筛网用于粗过滤；残渣回流槽收集膜组过滤器过滤后的固体悬浮颗粒与絮状残渣并输送至与之连接的焚烧炉，滤液输送至与之连接的电催化消毒装置。本发明有效去除有害微生物和污染物，防止有害水生物扩散；系统运行操作灵活，效果稳定、结构紧凑、耐冲击负荷、处理效率高，最终实现排出水达到IMO和国家规定的排放标准。