本发明公开了一种处理高盐高氨氮废水的电催化反应成套装置及其处理方法，该成套装置包括电催化反应器主体、周期换相式直流电源、进水泵、鼓风机、抽风机以及气体吸收塔；电催化反应器主体包含若干由离子选择性透过膜隔开的阴阳极室，每个极室上部均设置有气液分离器，极室内部两端设有与周期换相式直流电源连接的2块极板，中部设有超声波振荡装，底部通过进气管与鼓风机相连，极室外部均设置有循环泵；气液分离器顶部与抽风机相连，抽风机与气体吸收塔相通，将抽出的气体通入气体吸收塔处理；废水依次进入每个阴极室进行预处理脱氨后，再进入每个阳极室进行深度处理脱氨。本发明装置结构简单，工艺路线紧凑，自动化程度高，处理效率好。