本发明公开了一种用于降解木质素废水的复合菌群及其制备方法。该方法先分别挑取土壤杆菌（Agrobacterium？sp.），杆状菌（Bacillus？sp.），阴沟肠杆菌（Enterobacter.cloacae.），戈登氏菌（Gordonia？sp.），恶臭假单胞菌（Pseudomonas？putida.），施氏假单胞菌（Pseudomonas？stutzeri.）接种培养；按体积百分比计，分别取3～6%土壤杆菌，3～7%杆状菌，10～26%阴沟肠杆菌，34～45%戈登氏菌，16～38%恶臭假单胞菌和12～23%施氏假单胞菌活化后，混合投入到废水中。本发明通过菌种间的协调作用，能有效提高微生物处理木质素的降解效率。