本发明公开了一种野生百合的组织培养方法，包括：取野生百合蒴果，消毒；将消毒后的野生百合蒴果切开，选取生长饱满，胚明显的种子，刮掉种子的种皮，接种于固体培养基中进行暗培养，直至种子萌发；选取萌发形成的芽，接种于固体培养基中进行光照培养，得到鳞茎植株；以所述鳞茎植株的组织为外植体，诱导培养获得无菌苗。本发明将种子无菌播种后形成的鳞茎植株作为间接外植体，有效降低了野生百合组织培养的污染率，且继代过程中不易出现内生菌污染。本方法对外植体材料毒害小，组培成功率较高。