本发明公开了一种提高大豆发状根阳性转化率的方法。本发明的方法包括如下步骤：1)将外源DNA导入植物外植体，得到转入后外植体；2)将所述转入后外植体依次经过发芽培养、恢复培养和诱导培养，得到转基因发状根；所述诱导培养的培养体系为含有草丁膦的培养体系。通过试验证明：本发明的方法降低了获得的发状根中非转基因发状根的数量和比例，提高了转基因发状根的比例，减少了后期的筛选、鉴定工作量，提高工作效率。