本发明提供了一种青蒿转基因育种方法，是以未成熟青蒿花序为外植体，用携带有外源基因的农杆菌菌液侵染外植体，经过2-3天的共培养，将外植体放置在加有选择压的培养基上诱导产生愈伤组织，进一步诱导成再生植株，再通过对报告基因的分子生物学检测，从再生植株中鉴定出转化植株。本发明用青蒿的未成熟花序作为外植体,与农杆菌EHA105菌株共培养具有更高的转化率，最高转化率为17.2％，比目前青蒿转基因中常用的叶片外植体转化率高8.59％。本发明不仅为青蒿遗传转化提供了一个新的转化系统，而且也为其他难以进行农杆菌转化的植物种提供了借鉴。