利用微生物燃料电池原位处理底泥的装置及方法，它涉及一种处理底泥的装置及方法。本发明为了解决现有底泥处理技术易造成二次污染的技术问题。装置包括阴极、阳极不锈钢多孔板、传动器、传动器、传动器、电动机、电能管控系统、发动机和搅拌器，处理底泥的方法如下：一将利用微生物燃料电池原位处理底泥的装置放入河流或湖泊中，当电能管控系统内的电压达到500mV时，驱动发动机使搅拌器开始搅拌，当电能管控系统内的电压降为100mV时，驱动电动机使阳极不锈钢多孔板向上移动，停止运行；二、重复步骤一至阳极不锈钢多孔板移动至距离底泥上表面，即完成。本发明装置构造简单，造价低，无二次污染。本发明属于污泥处理领域。