本发明涉及一种脱氮复合菌剂，包括：CPZ24(Rhodococuus pyridinivorans)1×10⁸-10×10⁸cfu/mL；CPZ56(Shinella zoogloeoides)1×10⁸-10×10⁸cfu/mL；WL12(Pseudomonasspp.)1×10⁸-5×10⁸cfu/mL。本发明所述脱氮复合菌剂是经过配比优化后组成的微生物复合菌剂，可同时进行硝化-反硝化。本发明还提供所述脱氮复合菌剂的制备方法和应用。利用本发明脱氮复合菌剂处理畜禽养殖废水，产生气体中约95%-99%的气体为N₂，1-5%的气体为N₂O、NO、NO₂，总氮去除率达到79%-85%，具有高效脱氮作用，利于环境保护。