本发明公开了一种高浊度河水的原位净化系统及处理河水的方法：在药液贮槽中加入混凝药剂，开启引水闸，同时开启鼓风机和药剂泵，调节引水闸控制高浊度河水的进水流速，在空气穿孔管中空气的作用下，高浊度河水与药液穿孔管内流出的混凝药剂充分混合并在混凝床上反应形成污泥絮凝体混合液，然后混合液流经引水渠之后进入引水河道中，污泥絮凝体随水流逐渐沉降在引水河道的河床上，达到高浊度河水的原位净化的目的；本发明方法具有河道上在线原位净化、净化效率高、易操作控制等优点，克服了河水异位处理难度大、投资大等缺陷，净化后的河水可作为景观用水引用，具有十分重大的市场推广前景和社会效益。