本发明属于河道污泥处理技术领域，尤其涉及一种低成本、可持续清理河道污泥的方法，本发明仅对河道污泥进行部分清理，相比传统的一次性清理可节约大量人力物力，节约30%～50%的清理费用。本发明河道底部保留的污泥有利于恢复水体的自净能力，经过多次部分清理后，可达到河道的水流持久的生态平衡，进入良性循环。使用本发明的方法清理后的河道，常年水质清澈碧绿，沉、浮、挺等水生植物以及水生动物重现、使水体的自净能力得以恢复，真正实现了生态系统的重建。