本发明公开了一种芦丁-三价铬海藻酸钠壳聚糖微囊体系及制备方法和应用，通过先制备Ru-Cr(Ⅲ)配合物，再将Ru-Cr(Ⅲ)配合物载入海藻酸钠微囊中形成芦丁-三价铬海藻酸钠壳聚糖微囊体系；将芦丁-三价铬海藻酸钠壳聚糖微囊体系按比例置于水体中，并调节pH可以实现污水中Cr(Ⅵ)的去除。本发明的体系有效、环保、安全且具有一定缓释能力；制备方法通过内部凝胶法得到载有Ru-Cr(Ⅲ)配合物的微囊体系，制备原材料廉价易得，制备设备和条件简单；该体系能有效去除水体中的Cr(Ⅵ)，并且该去除过程只需Ru-Cr(Ⅲ)ACM体系与受污水体有充分的接触即可，不会对水体造成二次污染，对设备也没有要求。