本发明公开了植物组织培养的外植体灭菌装置，包括灭菌容器，所述灭菌容器形状为平皿状，还包括一圆柱形植物放置台和容器盖，植物放置台垂直设置于灭菌容器内，植物放置台高度高于灭菌容器，植物放置台与灭菌容器内侧形成溶液槽，容器盖垂盖在灭菌容器内，容器盖高度高于植物放置台，容器盖内顶部在植物放置台正上方，且之间形成一烟熏空间，所述灭菌容器、植物放置台以及容器盖都由透明玻璃构造而成。本发明结构简单，灭菌效果好，适合植物培养领域使用。