本发明公开了工厂化养殖废水连续灭菌装置，包括具有内腔的圆柱形缸体，其中：缸体内腔设有能在外力驱动下往复滑动的活塞；缸体还制有进液道和排液道，并且进液道内设有进液阀杆，排液道内设有排液阀杆；进液阀杆、排液阀杆能在外力驱动下分时段的控制缸体内腔与外界的联通或隔绝；进液道管道连接有能提供匀浆流体的匀浆罐。在缸体内往复滑动的活塞配以间歇性开闭的进液阀杆、排液阀杆，以四冲程方式运转。上述过程中，进入缸体的流体被剧烈挤压，随之温度也升高，而后压力撤去，温度降低。通过压力、温度的骤升骤降来达到杀菌的作用。本发明具有结构新颖、使用成本低、具有规模化效应、不易堵塞的优点。