本发明提供一种氟化工高含氟废水处理工艺，包括以下步骤：从氟化工车间排放出的废水进行初步过滤，滤去杂质；对初步过滤后的废水进行预处理，滤去沉淀；对预处理后的废水进行离子交换膜堆分离，分离出浓水和淡水；对膜堆分离后的淡水进行反渗透膜分离，分离出浓水和淡水；以及将反渗透膜分离出的淡水注入清水池。本发明还提供一种氟化工高含氟废水处理设备。本发明的氟化工高含氟废水处理工艺及设备采用膜堆分离与反渗透膜分离相结合的方式，将两种膜的优点相互结合处理氟化工废水，不需要再加入其它的药剂，无二次污染，处理流程简单连续，达到了更好的处理效果。