本发明提供一种磁性微生物载体，所述磁性微生物载体为以一种具有磁性的交联结构的高分子聚合物，所述高分子聚合物为聚乙烯醇缩甲醛，所述聚乙烯醇缩甲醛通过复合增强组分发泡改性，且还包含包硅磁粉，所述复合增强组分为活性炭微粒、硅藻土、高岭土、粉煤灰、亲水二氧化硅中的至少一种。本发明制备过程简单易操作，制备出的磁性微生物载体能够解决现有多孔载体不能有效固定微生物和载体中难以形成多样化环境等问题。