本发明提供了一种水芽殖杆菌（Gemmobacter aquaticus）ZYEM-P1，保藏在中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，保藏单位地址：北京市朝阳区北辰西路1号院3号，中国科学院微生物研究所，邮政编码为100101，保藏编号为：CGMCC No.7925，保藏日期为2013年07月15日。还提供了水芽殖杆菌在污废水以及油田含油污水处理中的应用。该水芽殖杆菌对于污废水以及油田含油污水处理效率高、处理效果好；该水芽殖杆菌培养条件简单、容易保存，易于工业化生产，具有良好的开发应用前景。