本发明公开了一种利用生物复合填料处理畜禽废水的方法，属于畜禽养殖废水处理领域。其步骤为：(a)将生物复合填料投入到待处理的畜禽废水中，浸泡3-10小时，其中生物复合填料与畜禽废水的体积比为1:(10-20)；(b)浸泡后，取出步骤(a)中的生物复合填料，将浸泡后的生物复合填料堆成锥形，然后在表面覆盖一层小麦秸秆或者玉米秸秆，进行高温堆肥。本发明处理过程采用的生物复合填料孔隙率和填料机械强度高，处理畜禽废水时能大量吸附废水中的植酸磷、残留的兽药、尿素、悬浮物等大分子营养元素以及铜、铁、锌等金属元素，能杀灭废水中的病原体，有效的解决了畜禽废水处理难的问题。