本发明公开了一种处理头孢氨苄酶法合成母液废水的方法，所述母液废水采用电渗析集成反渗透系统进行处理，所述电渗析集成反渗透系统由一级电渗析设备、二级电渗析设备、反渗透装置和结晶设备构成；本发明采用反渗透技术回收二次电渗析脱盐母液中的水资源，并将回收水回用至电渗析系统，作为二次电渗析系统浓缩室进水，实现废水资源的综合利用，环境影响最小化，降低处理成本。