本发明提供了一种颗粒型复合底改菌及其制备方法。该复合底改菌配方如下：光合细菌絮凝剂0.5～1.5％，液体纳豆芽孢杆菌0.1～1％，膨润土35～53％，颗粒沸石粉35～53％，凹凸棒土1～5％，过碳酸钠2～6％，磷酸二氢钠0.5～1.5％，生理盐水余量。其制备方法：将光合细菌絮凝剂、液体纳豆芽孢杆菌均匀喷洒在沸石粉上，混合均匀后加入膨润土再混合；将过碳酸钠、磷酸二氢钠、凹凸棒土混合均匀；将前二步混合物再混合，加入生理盐水充分搅拌混合后放入制粒机制成颗粒。本发明的颗粒型复合底改菌活菌存活率高，直接泼洒快速沉底，遇水裂解效果明显，使用方便；能快速分解池底淤泥，降解有机物，有效吸附有害物质，降低水体酸度、稳定水体pH值，补充微量元素，提高水体透明度，改良底质、净化水质。