本发明提供了一种既可抑制有害藻，又可促有益藻生长的解淀粉芽孢杆菌菌株，该菌株还可降低水体中的氨氮和亚硝酸盐等有害物含量。本发明还提供了制备解淀粉芽孢杆菌菌剂的方法。本发明提供的淀粉芽孢杆菌及其微生物菌剂可防治微囊藻水华、修复养殖水体生态，并可应用在发酵生产水产动物饲料中。