本发明公开了一种叠水式阶梯人工湿地系统，包括多个石砌河坝，所述石砌河坝从河水源头处由高向低排布形成阶梯状，所述石砌河坝的中心围成多个相互连接的澄清池，所述相邻澄清池之间由石砌河坝隔开，所述石砌河坝上设有供河水流过的齿状凹槽；所述澄清池的两侧设有坡面潜流人工湿地，所述坡面潜流人工湿地由带有齿状凹槽的石砌河坝隔成块状，所述坡面潜流人工湿地的底部设有排水管，所述排水管与澄清池相连接。本发明还公开了一种叠水式阶梯人工湿地系统的施工方法。本发明不易堵塞、稳定性强，提高了水质净化的效果。