本发明公开了一种利用梯级拦截坝辅助处理酸性矿山废水的系统及其工艺，它包括至少三级拦截坝，拦截坝呈自然落差的梯形状分布，对酸性矿山废水进行初级处理、中和处理、还原处理和去杂处理。本发明的有益效果是：利用自然落差在天然沟渠上建立梯级拦截坝，同时利用梯级坝的阻隔、微生物的物理、化学反应以及植物根系的过滤、吸附等作用，是一种后续辅助及深度处理方法，增加了处理效果、简化了现有方法的复杂程度和处理难度，并降低成本且提高水质，进一步降低了重金属含量及酸性，减少矿山废水对水源地及生态环境的破坏。