本发明公开一种加速微生物燃料电池阴极偶氮染料废水还原脱色的方法，先将碳毡作为工作电极，在工作电极室内加入100mL浓度为0.029mol/L的蒽醌-2,6-二磺酸钠和20mL浓度为0.12mol/L的聚吡咯的均匀混合液，工作电极表面形成一层聚吡咯/蒽醌-2,6-二磺酸钠薄层，制得碳毡/聚吡咯/蒽醌-2,6-二磺酸钠阴、阳极，再将该阴、阳极插入阴、阳极室中并接入外电路，阳极室中的被氧化的底物产生电子、质子，电子传递至阳极表面，经由外电路到达阴极，质子经质子交换膜扩散至阴极室，阴极室中偶氮染料、质子和经外电路到达阴极的电子在阴极表面发生还原半反应，偶氮染料被还原脱色；阳极电子传递的速率增加，显著提高偶氮染料废水还原脱色的速率，无需额外输入电能，无二次污染。