本发明提供一种生态、环保型的生物催化制备磁性纳米Fe₃O₄粒子新方法及其在含铀废水处理中的应用。具体步骤为：（1）氧化亚铁硫杆菌的培养、驯化；（2）生物聚合硫酸铁的制备；（3）磁性纳米Fe₃O₄粒子的合成；（4）磁性纳米Fe₃O₄粒子对含铀废水中的铀的吸附试验。本发明所得的磁性纳米Fe₃O₄粒子制备合成路线简捷、反应条件温和、易操作，使用生物催化氧化剂代替传统的化学氧化剂（亚硝酸盐），避免致癌物质排入到环境中，真正实现环境友好。同时，本发明所得的磁性纳米Fe₃O₄粒子能使浓度为0.45~0.50mg/L的低浓度含铀废水中的含铀量的下降90%以上，在铀矿冶含铀废水处理和铀回收等方面具有十分重要的实践意义。