本发明公开了一种两段式好氧-厌氧氨氧化反应器，是由厌氧段配水盘、厌氧段生物填料格栅板、厌氧段生物填料、好氧段配水盘、好氧段生物填料、好氧段生物填料格栅板组成，其特征是：反应器为圆柱形上下两段一体结构，上段为好氧段，下段为厌氧段，厌氧段底端内安装厌氧段配水盘、中端安装对称厌氧段生物填料格栅板，厌氧段生物填料格栅板之间设有厌氧段生物填料，厌氧段与好氧段之间安装好氧段配水盘，中端安装对称好氧段生物填料格栅板，好氧段生物填料格栅板之间设有好氧段生物填料构成，保证生物系统对氨氧化菌的快速筛选，有利于氨氧化菌的高效截留，提高去除效率，改善传质效果，稀释进水，提高抗冲击负荷，适用高氨氮、低C/N比的废水处理。