本发明公开了一种在植物组培中，以含杀菌剂衣膜包囊外植体以降低微生物污染率的方法，属农林领域的植物组织培养技术。包括以透气、透水、透光性好，对植物组织伤害小的衣膜包囊组培外植体。成膜剂为海藻酸钠溶液，附加杀菌剂、营养成分、植物激素后包囊外植体，投入氯化钙溶液交联固化，接种培养。含杀菌剂衣膜包囊组培外植体扩大了杀菌剂与外植体的接触面积，延长杀菌剂作用时间，有效杀灭外植体表面污染菌及内生菌。该方法操作简便，降低外植体污染率效果明显，成本低廉，便于推广应用。