本发明公开了一种利用侧向生物反应器进行污泥减量的系统及方法，系统包括依次连接的无氧池、充氧池和固液分离池，还包括一侧向生物反应器，侧向生物反应器内分隔成相互连通的混合区和搅拌反应区，混合区通过第一进水管连通至所述无氧池，混合区通过第二进水管连通至所述充氧池，搅拌混合区内设置搅拌装置，搅拌混合区底部通过混合液回流管连通所述充氧池。本发明利用兼氧环境与充氧环境交替循环处理，使系统不断选择低繁殖细菌来分解生物固体。直到生物固体被完全分解，大大较少剩余污泥的产生量。