本发明属于农业水利和农村生态环境建设中沟道生态清淤和水质净化技术领域。按重量百分比计取3％～5％EM原液、2％～5％的蜂蜜、5%～10％的上述沟道清淤底泥、80％～92％的去离子水混合均匀，在室温密闭条件下，放入速度为120r/min～180r／min的旋转式摇床厌氧发酵3-5天，即获得改良的复合微生物活性液。将沟道清淤底泥脱水干燥，使其含水率控制在30%左右，然后在搅拌罐中按底泥∶粘结剂∶蜂蜜∶改良复合微生物活性液=85～90∶10～4∶2～4∶4～3的总质量百分比配成混合物密闭发酵3-5天。在智能模式成球机中成型，球的直径控制在50mm-60mm之间，备用。本发明优点是上述发酵后的生物清淤球制作工艺简单，具有迅速分解农村沟道底泥、改善水质和消除异味等优点。