本发明公开了一种抗生素制药废水的处理工艺，包括抗生素制药废水的预处理、固定化生物酶处理、固定化活性污泥处理等步骤。本发明方法将固定化酶技术和固定化活性污泥技术联合应用于抗生素废水的处理，比单独使用固定化微生物技术或生物强化技术方法提高2~3倍效果；本方法不使用抗生素耐受的特效基因工程菌或经纯培养分离的自然菌，减少了“超级细菌”的形成和扩散的环境风险。