本发明公开了一种用于酒糟废水或淀粉质原料生物化工废水经生化后出水的深度处理方法，涉及废水处理技术领域。其包括生化出水进入pH调节池加酸调整pH到5-6，同时加入催化剂和强氧化剂；用曝气装置对氧化池的废水进行空气曝气氧化处理，持续空气曝气氧化处理0.5-6小时；氧化池出水进入pH调节池加碱调整废水pH值到6-9；调整pH值到6-9的废水进入絮凝反应池，同时投加絮凝剂；废水沉淀4-6小时。用本发明方法处理后的废水COD小于50mg/L，废水色度去除率大于、等于99%，水质色度指标低于10倍。本发明处理成本低、运行稳定、处理效率高、可工业化使用，而且投资少、便于推广使用。