本发明公开了一种处理芳纶废水的方法，包括以下步骤：将芳纶废水通入厌氧反应器Ph调节至7.5～9.5，加入耐盐菌进行两级厌氧生化反应，每级反应48～60h；将处理后的废水Ph调节至大于等于11，进入氨氮吹脱塔进行氨氮吹脱至Ph不低于10，且不再下降；将上述处理过的废水导入好氧反应器Ph调节至7～9，加入耐盐菌进行好氧反应，20～30h。本发明与现有技术相比，方法科学简单，设计易行，处理效果好。由于引入微生物进行处理，整套方法在处理废水时，可以节省很大的能源消耗，大大节约了治理成本，符合芳纶工业厂家处理生产废水的要求。