本发明公开了一种多刺多毛植物外植体的消毒灭菌方法，包括以下步骤：(1)、将外植体按常规流水冲洗表面灰尘，除去游离水，按常规用酒精表面消毒；(2)、将装有外植体与消毒杀菌液的容器放入连接有抽气泵的真空干燥器中，创造负压环境，使外植体多毛多刺部位形成的顽固气泡破裂，气体逸出，彻底清除藏菌死角，保证消毒杀菌液浸润到外植体所有的表面，快速、安全、高效获得多毛多刺外植体无菌材料。