一种脱除铁炭微电解反应器中填料表层硫化亚铁钝化膜的方法，工艺步骤如下：（1）向填料表层出现硫化亚铁钝化膜的铁炭微电解反应器的反应池中加入硫氧化菌菌泥和向硫氧化菌生长代谢提供营养物质的自配水，并在所述铁炭微电解反应器的反应池中停置至少30min，停置期间进行曝气；（2）当步骤（1）所述停置时间届满后，向所述反应池中连续通入所述自配水，与此同时使反应池中的混合液连续排出，在此过程中进行曝气为硫氧化菌代谢提供溶解氧，按上述方式连续运行，直至铁炭微电解反应器的反应池中填料表层的硫化亚铁钝化膜完全分解为止，所述自配水在反应池中的水力停留时间为4～10h。