一种高铁锰地下水生物净化滤层快速启动方法属于给水净化领域。在原有系统曝气池和滤池的基础上增加循环水池，经由管道之间的连接构成闭路循环系统，除铁除锰菌液接入滤池后，加入曝气后地下水至滤池，然后关闭地下水进水，开启滤池放空阀，滤池过滤后的水经由管道进入循环水池，在循环水池中利用设置的循环水泵将水送入曝气池再度曝气后通过进水阀再度进入滤池进行过滤，其余滤池阀门均关闭，进行闭路循环过滤。逐步降低循环水流量与地下水流量之比直至全部采用地下水；待滤池出水铁锰浓度分别小于0.3mg/L和0.1mg/L且稳定运行72h以上时，即说明生物滤层已经启动成功。本发明为高铁高锰地下水提供了快速启动方法。