本发明公开了一种处理冬瓜汁废水并进一步发酵制备乙醇的工艺，它是先对冬瓜加工后产生的冬瓜汁废水进行粗滤，再采用反渗透膜分离技术对粗滤液进行分离，得到渗透液和冬瓜汁废水截留浓缩液；渗透液COD值达到国家废水排放标准，可作为工艺水回用或直接排放；同时对冬瓜汁废水截留浓缩液进行乙醇发酵，得到发酵液；对发酵液进行精馏，得到乙醇。本发明工艺简单，成本低，乙醇收率高，能将冬瓜汁废水资源化利用，废水能回用或达标排放。