本发明公开了属于河流湖泊污染治理方法领域的水生薏苡(Coix？aquatic？Roxn)在原位修复富营养化水体上的应用，以及利用水生薏苡原位修复富营养化水体的方法。该方法将水生薏苡植株分蔸，然后将分蘖苗在泥沙混合基质中培养25～30天，再在清水中驯化培养，最后移栽于欲修复的富营养化水体中即可。本发明中水生薏苡为六倍体，其生物量、株高、分蘖显著大于四倍体薏苡，对氮磷吸收力明显比四倍体薏苡强；其次，水生薏苡对水生环境适应性更强，本身属野生植物，对环境适应能力强，不需要进行特殊管理；此外，水生薏苡为多年生，可定期反复刈割；水生薏苡为无性繁殖，只进行营养生长，不会造成大肆蔓延和生物入侵危害。