一种交替流人工湿地三级处理高氨氮废水的装置，其包括：纳米曝气消融装置，内部位于排泥口上方设置有连接纳米曝气机的纳米曝气盘，纳米曝气消融装置通过进水管与交替流人工湿地连接；交替流人工湿地通过出水管连接至表层湍流筛滤装置；表层湍流筛滤装置的储水箱的出水口通过一液压泵与旋流除砂装置相连；旋流除砂装置的底部开设有排泥口，旋流除砂装置的顶部设置有搅拌机，搅拌机的叶轮叶浆向上倾斜，旋流除砂装置的上部与反洗泵连接。本发明还公开了利用上述组合装置进行高氨氮废水三级出水深度处理的方法。