本发明涉及一种船舶脱硫废水处理装置及方法，属于船舶脱硫废水处理领域，所述装置包括反应罐、泵I、微气泡发生器、阀、泵II、射流器、旋流分离器和吸附柱，所述反应罐的出口I通过泵I与微气泡发生器的一端连接，微气泡发生器的另一端与反应罐的入口I连接，反应罐的出口II通过阀与泵II的一端连接，泵II的另一端通过射流器与旋流分离器连接，射流器设有絮凝剂入料口，旋流分离器的液体废料出口与吸附柱连接，本发明有益效果为对船舶废气洗涤废水排放指标中的控制污染物进行有效地去除，实现脱硫废水达标排放。